Chuckie's Blog

Fractal的使用

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Fractal

Fractal论文

Fractal-github

以下操作都是基于Linux系统

配置Fractal

安装spark

Fractal是java开发的所以需要先在安装jdk

Fractal是基于spark的所以需要先安装spark

  • 当前系统已经安装了jdk，所以export JAVA_HOME=<openjdk-8-installation-folder>这一步不需要
    • 这一步的意思是定义jdk的环境变量
  • cd <repositories-folder>: 新建一个文件夹,并cd到这个文件夹下
  • wget https://archive.apache.org/dist/spark/spark-2.2.0/spark-2.2.0-bin-hadoop2.7.tgz: 下载spark
  • tar zxvf spark-2.2.0-bin-hadoop2.7.tgz: 解压文件
  • mv spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 spark: 将解压的文件夹重命名为spark
  • rm spark-2.2.0-bin-hadoop2.7.tgz: 删除压缩包
  • cd spark
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export SPARK_HOME=`pwd` 将当前路径设置为SPARK_HOME的环境变量

构建Fractal

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cd <repositories-folder>                                     //进入上面新建的文件夹
git clone https://github.com/dccspeed/fractal.git            //从github上拷贝下Fractal
cd fractal                                                   
export FRACTAL_HOME=`pwd`                                    //将当前路径设置为FRACTAL_HOME的环境变量
./gradlew assemble                                           //编译fractal

编译错误

  • 报错1

image-20220413095919192

  • 解决方案
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chomd +x gradlew
  • 错误原因： gradlew没有权限
  • 报错2

image-20220413100207400

  • 解决方案
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终端：vim ./gradlew
终端打开后直接输入：`:set fileformat=unix`
然后退出保存： `:wq`
  • 错误原因：gradlew的文件格式有问题（windows上的格式），通过:set fileformat=unix修改文件格式以符合linux系统
  • 报错3

image-20220413101300174

  • 错误原因：JAVA_HOME路径有问题
  • 解决方案：找到正确的jdk路径并再次设置JAVA_HOME
    • 查看已经安装的jdk位置： echo $JAVA_HOME
    • 重新设置JAVA_HOME： export JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64'

image-20220413103205892

执行错误：

  • 错误1

image-20220413105538796

  • 错误原因：没有执行.sh文件的权限
  • 解决方案:
    • cd到bin目录下执行：chmod u+x *.sh
      • 这里的u 这里指文件所有者，+x 添加可执行权限，*.sh表示所有的sh文件
  • 错误2

image-20220413110016941

  • 错误原因：fractal.sh文件格式问题
  • 解决方案：
    • cd到bin目录下执行：vim fractal.sh
    • vim打开后输入：:set ff=unix
    • 然后保存退出：:wq
  • 错误3

image-20220413160714404

  • 错误原因：jdk版本不对，需要安装jdk1.8
  • 解决方案：
    • Linux非root用户安装：在自己的目录下新件jvm文件夹，再将下载的jdk1.8安装包拖入jvm文件夹
    • 在jvm文件夹下解压安装包：tar -zxvf jdk-8u151-linux-x64.tar.gz
    • 设置临时环境变量：export JAVA_HOME='/home/wangyj/jvm/jdk1.8.0_151'

jdk1.8资源

链接：https://pan.baidu.com/s/1txqGI8wwmRqZeV0pbjg9xQ
提取码：zukz

Linux非root用户安装JDK

使用Fractal

设置临时环境变量

  • cd到项目根目录下/Fractal执行如下命令
    • 使用已经安装好的jdk1.8， 如果没有安装请看：配置Fractal—执行错误—-错误3
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export JAVA_HOME='/home/wangyj/jvm/jdk1.8.0_151'
  • cd到/Fractal/spark执行如下命令
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export SPARK_HOME=`pwd` 将当前路径设置为SPARK_HOME的环境变量
  • cd到/Fractal/fractal执行如下命令
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export FRACTAL_HOME=`pwd`
  • 编译, 在/Fractal/fractal下执行
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./gradlew assemble

挖掘自带的模式图

  • 查看所有自带模式图
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./bin/fractal.sh
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可供选择的模式图：fsm|motifs|cliques|cliquesopt|gquerying|gqueryingnaive|kws
  • 查看某个模式图执行参数
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app=cliques ./bin/fractal.sh
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ALGOPTION for 'cliques':
   inputgraph=<file-path>                  'Input graph file path'
   steps=1|2|...                           'Extension steps. If the target subgraph has size k, then steps=k-1'
  • 在数据集citeseer-single-label.graph上执行3个点的cliques挖掘
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steps=2 inputgraph=$FRACTAL_HOME/data/citeseer-single-label.graph app=cliques ./bin/fractal.sh

挖掘自定义模式图

命令

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steps=2 inputgraph=$FRACTAL_HOME/data/citeseer-single-label.graph app=gquerying query=$FRACTAL_HOME/data/q6-house.graph ./bin/fractal.sh
  • steps=n, 表示n步扩展
  • inputgraph， 真实图地址
  • query， 模式图地址
  • app=gquerying， 表示是自定义模式图的挖掘

模式图格式

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<vertex id> <vertex label> [<neighbour id1> <neighbour id2> ... <neighbour id n>]

例如房子模式图
0 1 1 4
1 1 0 2 4
2 1 1 3
3 1 2 4
4 1 0 1 3

其中第二列都是1，表示标签都是1，即同构图，若标签不同则是y